熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光;另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。

　　使用方法：

　　(1)打開燈源，超高壓汞燈要預熱15min才能達到最亮點。

　　(2)顯微鏡需在光源與暗視野聚光器之間裝上所要求的激發濾片，在物鏡的后面裝上相應的壓制濾片。熒光顯微鏡需在光路的插槽中插入所要求的激發濾片、雙色束分離器、壓制濾片的插塊。

　　(3)用低倍鏡觀察，根據不同型號顯微鏡的調節裝置，調整光源中心，使其位于整個照明光斑的中央。

　　(4)放置標本片，調焦后即可觀察。使用中應注意:未裝濾光片不要用眼直接觀察，以免引起眼的損傷;用油鏡觀察標本時，必須用無熒光的特殊鏡油;高壓汞燈關閉后不能立即重新打開，需待汞燈*冷卻后才能再啟動，否則會不穩定，影響汞燈壽命。

　　(5)觀察。例如:在顯微鏡下用藍紫光濾光片，觀察到經0.01%吖啶橙熒光染料染色的細胞，細胞核和細胞質被激發產生兩種不同顏色的熒光(暗綠色和橙紅色)。