鑒于發光水平較低，物鏡在顯微鏡中的作用至關重要，因為它是從樣品中收集光的物鏡功能。物鏡接受的光錐角度由物鏡的數值孔徑決定。在透射光熒光顯微鏡中，到達眼睛或其他探測器的光強度直接變化為物鏡和聚光器的數值孔徑的平方與總放大倍數的平方成反比。

　　高能熒光顯微鏡的規則是保持光學元件*沒有灰塵，污垢，油，溶劑和任何其他污染物，顯微鏡應保存在低振動無煙室內，盡可能清潔并且對循環空氣的干擾小。不使用時，請在顯微鏡上使用防塵罩，并將所有配件放在不透氣的容器中，避免使用腐蝕性溶劑清潔顯微鏡的任何部分，并僅使用稀釋的肥皂水清潔非光學表面。

　　高能熒光顯微鏡切勿以高壓力（包括鏡頭紙）在鏡頭表面上拖動任何物體，以避免在表面上引入非常細小的劃痕，使用專為光學表面設計的溶劑清潔鏡頭，或在緊急情況下使用無水乙醇清潔鏡頭。避免使用其他溶劑，因為它們可能會與玻璃上的光學涂層反應。在用溶劑清潔之前，用壓縮氣體對鏡頭表面進行除塵，以去除松散的顆粒，用鏡頭紙擦去多余的溶劑，讓鏡頭*干燥，重復此過程。