三目生物倒置顯微鏡用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。比較普通生物顯微鏡:適合用于觀察、記錄附著于培養皿底部或懸浮于培養基中的活體物質，在食品檢驗、水質鑒定、晶體結構分析及化學反應沉淀物分析等領域也能發揮巨大作用。